袁世凱附和維新，又與頑固派關系密切，最終出賣了維新派，保了自己的紅頂子。任山東巡撫，鎮(zhèn)壓義和團運動。八國聯(lián)軍侵華時，大耍兩面派手法，獲得了清廷和洋人的一致歡心。
１８９８年９月，中國近代歷史記下了慘痛的一頁：著名的維新志士譚嗣同、楊銳、林旭、劉光第、楊深秀、康廣仁先后被捕，于２８日慘遭殺害；維新派領袖康有為、梁啟超僥幸逃往國外；參與或支持變法運動的人大都被拘下獄，或永久禁閉，或流放邊疆。但是，混跡于維新派之中，為維新派引為“同志”并寄予無限希望的袁世凱，不僅安然無恙，而且受到慈禧太后特別召見，并準許其在西苑門內(nèi)騎馬，還賞以銀錢４０００兩。
這是因為，曾信誓旦旦向維新派志士譚嗣同表示“我三世受國恩深重，斷不至喪心病狂，貽誤大局，但能有益于君國，必當死生以之”的袁世凱，在得知維新派誅殺榮祿、“助行新政”的絕密計劃后，出賣了維新派，使得西太后得以提前發(fā)動政變，扼殺維新運動。
袁世凱起初在變法維新方面押下賭注，是在他尚未取得督辦新軍的全權之時。康有為“公車上書”的時候，袁世凱正因宦途不得意，終日奔走于權貴之中。善于觀辨風向的袁世凱，得知變法維新的主張獲得翁同龢等人的同情，有可能得到光緒皇帝支持的跡象，立即決定插上一腳。
很快，袁世凱與康有為、梁啟超建立起親密的關系，并以其對練兵變法的“高見”取得康有為的信任。當各衙門不愿遞呈康有為的一份萬言書之時，袁世凱自告奮勇，交由督辦軍務處代遞，使得康有為很是感激?？涤袨榈摹皬妼W會”成立后，袁世凱迅速成為該組織中的活躍分子。袁世凱的這些表現(xiàn)，加之他后來得以督辦新軍，有了兵權，使得康、梁對他寄予厚望。
康、梁未曾想到，袁世凱在附和維新派的同時，也同反變法的頑固派保持著密切的關系。因為在小站督練新軍，袁世凱尤與駐天津的直隸總督、頑固派顯貴榮祿往來密切。本來，袁世凱受命督練新軍，就得益于榮祿的提攜。督練過程中，１８９６年４月，袁世凱被監(jiān)察御使胡景桂參奏其“嗜殺擅權”、“克扣軍餉，誅戮無辜”以及用人不當，在危及烏紗帽之時，受朝廷指派前往查辦的榮祿（此時已任兵部尚書）又在查辦完畢后的奏折中將袁世凱的罪行一一抹掉，并吹捧袁為“將領中間不可多得之員”。由于榮祿的蔭庇，袁世凱不僅未被治罪，反被清廷慰勉。故袁世凱對榮祿一直感激涕零。
１８９８年９月，變法維新和頑固守舊兩派的斗爭已呈白熱化，西太后已準備廢掉光緒帝，并用暴力扼殺變法。在這新舊兩派進入最后決斗的關鍵時刻，握有兵權的袁世凱在變法維新和頑固守舊兩派眼中，都成了舉足輕重的人物?？涤袨檎J為：“擁兵權，可救上者，只此一人?！保乖拢保慈?，袁世凱遵旨入京，晉見光緒帝，袁在光緒面前極力贊揚新政，并對光緒所賜特恩表示感激。袁世凱這一表現(xiàn)，更使維新派對他寄予奢望。
９月１８日，光緒皇帝已覺處境孤危，朝不保夕，遂下密詔說：“今朕位幾不保，汝康有為、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等，可要速密籌，設法相救，朕十分焦灼，不勝企望之至。”當晚康有為接到光緒密詔，速與維新派人“商談救上之策”。大家痛哭不成聲，想不出萬全之法，最后決定由譚嗣同攜帶光緒密詔，勸說袁世凱誅殺榮祿，起兵勤王，拯救變法。維新派將一切希望寄托在袁世凱身上。
深夜，在北京的袁世凱寓所法華寺，譚嗣同向袁出示了光緒密詔，并將具體應變計劃向袁和盤托出：２０日當他請訓時，皇上會面交上諭一道，令他帶兵赴天津見榮祿，出上諭宣讀后即將榮祿正法，再以代理直隸總督身份傳諭僚屬，宣布榮祿大逆罪狀，然后領兵入京，誅殺舊黨，助皇上行新政。
袁世凱聽此密計，大吃一驚。此法風險之大，令他一時語塞。在譚嗣同的催促下，袁世凱雖同意殺掉榮祿，但謂時機尚未成熟，須假以時日，待皇上出巡天津，方可動手。他還向譚激昂地表示：“若皇上在仆營，則誅榮祿如殺一狗耳?！弊T嗣同相信了袁世凱的表白。
袁世凱附和維新變法，其真正用心也是借維新以謀取政治資本與政治地位。在此新舊兩派勢力大攤牌的關鍵時刻，他“反復籌思”，深感光緒帝無實權，維新派多為書生，空談尚可，成事極難，而西太后樹大根深，心腹如林。如果倒向光緒，可能惹火燒身，自身難保；若為太后贏得最后關鍵的一分，則自己在朝廷中地位將可能取李鴻章而代之。
取舍已定，袁世凱于２０日上午請訓后，立即乘火車返回天津，直奔總督衙門，將維新派計劃全盤托給榮祿，當晚榮祿入京，面見西太后。次日凌晨，太后由頤和園進城，徑入皇宮，囚禁光緒，同時發(fā)布“懿旨”，以光緒病重不能理事為由，宣布自己臨朝訓政，維新運動失敗。
維新運動時的袁世凱
袁世凱此次投機，不僅使維新派血染菜市口，而且使光緒帝失去自由，幽禁于瀛臺。從此，袁世凱深得榮祿與西太后寵信，飛黃騰達，不可一世。
戊戌政變后，西太后命令宋慶、董福祥、聶士成、袁世凱四部悉歸榮祿節(jié)制。１８９８年１２月７日，榮祿統(tǒng)率畿輔各軍之精銳，以聶士成的武毅軍為前軍，駐蘆臺；董福祥甘軍為后軍，駐薊縣、通州；宋慶的毅軍為左軍，駐山海關內(nèi)外；袁世凱的新建陸軍為右軍，駐小站。１８９９年３月３１日，清政府成立武衛(wèi)軍，歸榮祿統(tǒng)率，聶士成軍為武衛(wèi)前軍，董福祥軍為武衛(wèi)后軍，宋慶軍為武衛(wèi)左軍，袁世凱軍為武衛(wèi)右軍，駐地不變。另由榮祿招募兵勇為武衛(wèi)中軍，直屬榮祿，駐北京。這樣，袁世凱不僅與著名宿將并駕齊驅了，而且這支武衛(wèi)右軍也為他日后鎮(zhèn)壓義和團運動發(fā)揮了重要的作用。
１８９９年１２月６日，清廷命袁世凱署理山東巡撫，仍舊節(jié)制武衛(wèi)右軍。袁世凱出任山東巡撫時，山東已成為中國最為動蕩不安的地區(qū)。作為德國的勢力范圍和中國南北的交匯處，西方殖民者的傳教士在此具有強大的政治和宗教勢力，他們在山東刺探情報，霸占田產(chǎn)，傷害無辜，與當?shù)厝嗣裰g積怨頗深。
１９世紀末，山東爆發(fā)了聲震中外的義和團運動。袁世凱對義和團運動采取堅決鎮(zhèn)壓的態(tài)度。他到任山東巡撫之初，即頒布了禁止義和拳匪告示，并用他從小站帶來的軍隊鎮(zhèn)壓義和團。同時，袁世凱派人安撫山東各地的教會組織和傳教士，希望他們安心傳教，政府和軍隊一定會不遺余力地保護他們的教堂和一切利益。袁世凱的做法使洋人十分滿意，但也遭到義和團民的憤恨，罵他是“袁奸雄”。
１９００年３月１４日，清政府實授袁世凱為山東巡撫。此時義和團已拿起武器同他進行針鋒相對的斗爭。但是，由于義和團缺乏統(tǒng)一組織領導，力量分散，原始刀矛抵擋不住袁軍的洋槍洋炮，首領王立言、王玉振、朱士和等數(shù)十人及一些團民均先后陣亡。
由于袁世凱的嚴酷鎮(zhèn)壓，山東境內(nèi)的義和團運動低沉下來。但義和團卻在直隸境內(nèi)北京、天津、保定的三角帶區(qū)得到了迅猛的發(fā)展，并有大批團民涌進了北京。慈禧為防止“禍起肘腋”，也想利用義和團抵擋與之有一定矛盾的列強各國，遂宣布義和團眾為“義民”，進行“安撫”。
６月１０日，俄、英、美、日、德、法、意、奧八國組成聯(lián)合侵略軍２０００余人，在英國海軍將領西摩爾的率領下，由天津向北京進犯。慈禧太后慌了手腳，１５日，急命袁世凱帶隊或派得力將領統(tǒng)帶，前往援助。１７日，八國聯(lián)軍攻占大沽炮臺。
慈禧太后命袁世凱直接同列強交鋒。袁世凱隨即面臨著一個兩難的問題：不派兵，開罪于慈禧太后，弄不好會丟了官職；派兵，開罪于洋人，苦心經(jīng)營的軍事實力會在戰(zhàn)爭中消耗殆盡，何況還有大股小股的義和團與之作對。經(jīng)過再三權衡，袁世凱終于想到了一個兩全其美的辦法，采取兩面派手法，即借口列強將乘虛而入，義和團將趁機而起，僅派少數(shù)新招募來的散兵搪塞，保存軍事實力，避免同列強交戰(zhàn)。
盡管袁世凱“盡力”維持局面，但形勢仍在惡化。６月２１日，清廷正式宣布與列強開戰(zhàn)。同一日，又諭令各省督撫把義民“召集成團，借御外侮”。盡管義和團士氣高漲，駐守在津京地區(qū)的清軍也進行了英勇的抵抗，但在全副武裝的聯(lián)軍面前，只得節(jié)節(jié)敗退。７月１４日，天津失陷。８月１４日，八國聯(lián)軍攻入北京。慈禧太后趁亂攜光緒倉皇出逃。機敏的袁世凱在慈禧太后逃亡途中，先后給慈禧送來大量錢物，使慈禧大受感動。
慈禧太后向列強“宣戰(zhàn)”，并不是真心要同列強徹底決裂，故戰(zhàn)爭開始不久，就指令駐外公使向列強解釋“宣戰(zhàn)”系出于被迫，乞求原諒。８月７日，正式任命剛調任直隸總督兼北洋大臣的李鴻章為全權代表，同列強議和。
１９０１年１０月，經(jīng)過艱難的談判，清廷和八國聯(lián)軍最終簽訂了辛丑條約，賠款一項，就有４５億兩，“人均一兩，以示警告”，加上４厘利息和３９年付清，達到了９８億兩，再加上各省教案的單項賠款，總數(shù)超過１０億兩，相當于清政府１２年的財政收入。
１９０１年１１月７日，直隸總督兼北洋大臣、辛丑條約談判特命全權大臣李鴻章在悲憤交集中去世，朝廷發(fā)布上諭，命袁世凱署理直隸總督兼北洋大臣。這樣，時年４２歲的袁世凱順利地接替了李鴻章的位子。
袁世凱接任直隸總督兼北洋大臣后，便著手推行“新政”。除增練新軍外，在實業(yè)、警政、教育等方面也進行了大力改革，并取得了一定的成果，是洋務運動后期的重要領袖。
１９０１年１１月２０日，袁世凱把山東巡撫任內(nèi)諸事交代完畢，交出了山東巡撫印信，次日北上，正式到直隸走馬上任。１１月２８日，慈禧太后以袁世凱“共保東南疆土，盡心籌劃”，“卓著勛勞”，加其太子少保銜。
１９０１年１０月，慈禧太后帶領出逃官員由西安開始返京。在陜西、河南走了兩個多月，到１２月下旬方才進入直隸境內(nèi)。２６、２７日兩天，慈禧太后在順德府（今邢臺市）內(nèi)丘縣召見了袁世凱。１９０２年１月３日，慈禧太后到達保定，停留三天，袁世凱不僅提前準備了一座富麗堂皇的行宮，而且還親自護送慈禧進京。慈禧對他更加賞識，賞他黃馬褂、在紫禁城內(nèi)騎馬。１９０２年６月，慈禧太后正式實授袁世凱為直隸總督兼北洋大臣。
為了討列強歡心、博取列強信任，以應付國內(nèi)危機，早在１９０１年１月，慈禧太后就發(fā)布了籌辦“新政”的上諭，并于４月成立了推行“新政”的主持機關督辦政務處，陸續(xù)頒布了整頓吏治、調整官制、改定刑律、廢科舉、興學校、派遣留學生、辦理警務、準滿漢通婚、獎勵實業(yè)、裁減舊軍、編練新軍等法令。袁世凱對“新政”是持贊成態(tài)度的，并在山東巡撫任內(nèi)已開始貫徹執(zhí)行。但真正大力推行則是在其任直隸總督之后。
袁世凱接任直隸總督之后，以極大的熱情推行“新政”，除增練新軍外，在實業(yè)、警政、教育、吏治等方面也進行了大力改革。
第一，增練新軍。增練新軍的前提是募兵。１９０２年２月，袁世凱命人在小站時期制定的募兵章程的基礎上，修訂了募練新軍章程十一條和募兵格式八條，對募兵的條件進行了詳細和嚴格的規(guī)定。按照章程和募兵格式的要求，袁世凱派王英楷、王士珍等人分赴直隸正定、大名、廣平、冀州、趙州、深州、順德，會同地方官精選了６０００壯??；又奏請朝廷，今后必須發(fā)足軍餉。清廷大力支持，命令軍機處轉告各省督撫，必須照朝廷核定的數(shù)目籌足軍餉，不準拖欠。
１９０２年６月，袁世凱在保定創(chuàng)設軍政司，作為治軍的領導機關，自兼督辦。下轄兵備、參謀、教練三處，以劉永慶、段祺瑞、馮國璋分任總辦。袁世凱還讓人參照中外現(xiàn)行成法，制定了創(chuàng)練常備軍的營制、餉章，把軍隊分成常備軍、續(xù)備軍、后備軍三種。服現(xiàn)役的稱為常備兵，當差三年，支給全餉；三年后退伍回家，列為續(xù)備兵，月支餉銀一兩，平時在家各就其業(yè)，每年１０月操練一次，以一個月為度，操練時發(fā)給全餉；再三年列為后備兵，月餉為續(xù)備兵的一半，每隔一年操練一次，四年期滿，退為平民，停止月餉。遇有戰(zhàn)事，得征調續(xù)備兵、后備兵入伍。這種將軍隊區(qū)分為現(xiàn)役和預備役、改造成新的多層次結構的西方近代軍制規(guī)范，是在中國首次推行。
常備軍的平時編制，以二鎮(zhèn)（鎮(zhèn)相當于后來的師）為一軍，每鎮(zhèn)轄步隊二協(xié)（旅）、馬隊一標（團）、炮隊一標、工程隊一營、輜重隊一營。營下為隊（連），隊下為排，排下為棚（班）。
１９０２年１２月６日，清政府命精選３０００八旗兵丁交袁世凱訓練，待卓有成效后，再將其余人員輪流派去受訓。袁世凱受命后，奏請將該軍定名為京旗常備軍，以滿族人鐵良為京旗練兵翼長。所有營規(guī)軍律，悉照北洋常備軍法令辦理，營制、餉章也按照常備軍編定。次年６月該鎮(zhèn)練成。不久，清政府又讓山東、山西、河南各省選派將弁頭目赴北洋軍學習操練。
袁世凱也注重培養(yǎng)具有現(xiàn)代軍事知識的軍官。１９０２年３月，他從武衛(wèi)右軍學堂的畢業(yè)生中挑選了五十多名，派赴日本陸軍學堂深造；同年６月，在保定建立了行營將弁學堂，學習期限八個月；次年興辦了陸軍小學堂和北洋武備速成學堂；１９０５年設立了軍醫(yī)、馬醫(yī)、經(jīng)理、軍械四個學堂，培養(yǎng)專門人才。
１９０５年２月，袁世凱奏請將北洋常備軍各鎮(zhèn)一律改稱陸軍各鎮(zhèn)，以便和各省一致。由于直隸新軍首先練成，這六鎮(zhèn)便被分別命名為陸軍第一、第二、第三、第四、第五、第六鎮(zhèn)。北洋六鎮(zhèn)新軍的編練，使袁世凱的兵力驟增至八九萬人，成為地方上勢力最強大的封建軍閥。他所訓練的北洋六鎮(zhèn)，除第一鎮(zhèn)外，其余五鎮(zhèn)的統(tǒng)制皆為其嫡系親信，統(tǒng)領、統(tǒng)帶均是小站時的舊班底。
第二，興辦實業(yè)。袁世凱興辦實業(yè)的主要措施有：一是開辦銀元局、官銀號等金融事業(yè)。１９０２年，袁世凱委任周學熙創(chuàng)辦銀元局，鼓鑄銀元、銅元，擬以銅元代替制錢，銀元代替銀兩，實行幣值改革。其后，又開辦天津官銀號，發(fā)行銀兩票、銀元票、銅錢票。二是創(chuàng)辦工業(yè)。１９０３年１０月，袁世凱委任周學熙在天津開辦直隸工藝總局，同時開辦工藝學堂、種植園、教育品制造所、實習工場、勸業(yè)會場、勸業(yè)鐵工廠、紙廠、種植園、工商研究所等機構。扶持獎勵官紳興辦實業(yè)，引進機器、技術、人才。１９０６年，開辦啟新洋灰公司，次年成立灤州礦物（煤礦）公司，并從比利時人手中收回臨城煤礦。三是親自主持修建了京張鐵路。京張鐵路是由中國自籌資金、自行設計、獨立修筑的第一條鐵路，清政府決定官辦，由袁世凱督修。袁世凱接受任務后即設立路局，籌措資金，委任詹天佑為總工程師兼會辦路務，奏準所用鋼軌、枕木、機器、車輛等材料免納厘稅，降低成本。京張鐵路１９０５年６月動工，１９０６年２月豐臺至南口段通車，１９０９年１０月全線通車。四是發(fā)展農(nóng)副業(yè)。１９０２年，袁世凱在保定創(chuàng)立農(nóng)務局、農(nóng)事實驗場、農(nóng)業(yè)學堂，各縣設立農(nóng)務會，引進西方農(nóng)務家學器藝。
詹天佑（車前右三）在京張鐵路修成時
第三，創(chuàng)辦巡警。１９０２年５月，袁世凱開始著手建設地方警察部隊，并因此成為中國警察的創(chuàng)始人。袁世凱首先參照外國辦法，擬訂章程，在保定創(chuàng)設警務總局一所、分局五所，挑選五百名巡警分布城廂內(nèi)外，聘任日本警視廳警官三浦喜傳為警務顧問，并責令原李鴻章淮軍前敵營務處干員趙秉均為警務總辦兼警務學堂督辦。為了提高警察的業(yè)務和個人素質，袁世凱還創(chuàng)辦了保定警務學堂，對警察進行分批輪訓。
袁世凱也十分注重相應警務制度的建設。由袁世凱審定的警務章程，共５章８５節(jié)，吸收了西方特別是日本警察條例的主要部分。袁世凱創(chuàng)辦的警務學堂也有詳細的章程，對學校性質、任務、生源、機構、課程設置、休息時間、畢業(yè)年限等都做了細致的規(guī)定。
１９０２年８月，八國聯(lián)軍撤退天津時，規(guī)定不準中國在天津周圍二十里內(nèi)駐扎軍隊，袁世凱便將在保定剛剛訓練好的２０００名警察調進了天津，對天津進行接管。在此之后，袁世凱在天津成立了南北兩個巡警局，又創(chuàng)辦了天津巡警學堂以及水警、偵警，將西方警察制度全面引入中國。１９０３年，袁世凱將保定巡警學堂并歸天津，改稱北洋巡警學堂，培養(yǎng)巡警官弁。１９０２年１０月，清廷發(fā)布上諭，命各省督撫仿照袁世凱所定的警務章程加以推廣。于是，警察制度在全國推廣開來。
第四，廣興教育?？婆e取士，是中國延續(xù)了一千多年的選拔人才的方式。在袁世凱的努力下，清廷最終廢除了這一制度。１９０３年３月１０日，袁世凱與張之洞聯(lián)名上疏，請求改革科舉制度。但由于遭到大學士兼軍機大臣王文韶的堅決反對，此項計劃被迫擱淺。兩年后，王文韶軍機大臣一職被罷黜，袁世凱再次聯(lián)合湖廣總督張之洞、盛京將軍趙爾巽、兩廣總督岑春煊、兩江總督周馥、湖南巡撫端方等聯(lián)名上奏折“請立停科舉，推廣學校”。清廷批準了袁世凱等人的建議，宣布從１９０６年始，所有鄉(xiāng)、會試一律停止，各省歲科考試同時停止。這樣，延續(xù)一千兩百多年的科舉制度得以廢除。
在上疏廢除科舉制度的同時，袁世凱也開始大力興辦新式學校。１９０２年，他在省城設立了學校司，督辦全省教育，下設專門教育、普通教育、編譯三處。次年遵照學務大臣奏定章程，改學校司為學務處。為了解決新式學堂的師資問題，袁世凱還多方延攬通曉西學的教師，聘請美國人丁家立擔任高等學堂西學總教習，令其在天津大學堂學生中選拔優(yōu)等生，充當府設中學堂教員。同年設立師范學堂，分半年、一、二、三年畢業(yè)四齋，以后改為三年制，解決師資困難。并選派學生赴日本學習師范，歸國后充實教師隊伍。通過一系列的措施，直隸地區(qū)的新式教育發(fā)展迅速。
第五，整飭吏治?！叭昵逯f白花銀”，清末吏治之壞盡人皆知。袁世凱上任之后，便著手整飭直隸地區(qū)的吏治。他規(guī)定，各道府、州、縣將每年應得屬員規(guī)費據(jù)實開報，按其向來所得之多寡，明定等級，酌給公費，多者月給一千兩，少者一百兩，任何人不得私相授受。他還設立官吏考驗處，對官吏的閱歷、批判、律例、行止、口才等進行考驗。設立調查處，對官吏進行一定程度上的監(jiān)督。為了使地方官員具有新政知識，袁世凱還設立課吏館（不久改為直隸法政學堂），專門招候補人員學習，培養(yǎng)新政人才。但是，由于清末賄賂成風，腐敗盛行，袁世凱整頓吏治的措施，除設立法政學堂培養(yǎng)了一定的新政人才，取得了一定的成果外，其余的措施均沒有什么大的作用。
總體上來說，袁世凱所推行的新政，的確取得了一些重要的成果，由他主持的新政，無論是從具體措施上來看，還是從實際效果上來看，都比李鴻章當年的改革更為有力。袁世凱之所以在辛亥革命后被推選為民國臨時大總統(tǒng)，跟他這一段時間的政績是分不開的。
清末“預備立憲”中，袁世凱提出“新官制改革案”，主張建立責任內(nèi)閣制，廢除軍機處，未獲通過。因權勢膨脹，引起慈禧猜忌，調任外務部尚書兼軍機大臣。
１９０４年，日俄戰(zhàn)爭爆發(fā)。清廷上下極為關注，不僅僅因為戰(zhàn)場在中國東北，也因為這是一場被看做兩種不同國體之間的較量——日本代表君主立憲，而俄國象征傳統(tǒng)的君主專制。戰(zhàn)爭最終以日本的獲勝而結束。
在這種情況下，袁世凱認為奏請朝廷立憲的時機到了。１９０５年７月，袁世凱聯(lián)合兩江總督周馥、湖廣總督張之洞等，奏請立憲。袁世凱等人上書后不久，慈禧同意委派載澤、戴鴻慈、徐世昌、端方、紹英等赴東西洋各國考察一切政治。１９０５年９月２４日，出洋考察的五大臣在北京正陽門火車站準備起程時，發(fā)生了革命黨人為抵制清廷假新政而制造的爆炸事件，五大臣被迫改期緩行。１２月中旬，清政府的立憲考察團兵分兩路由上海赴美，一組由端方、戴鴻慈帶隊，先后考察了美、英、法、德、丹麥、瑞典、挪威、奧地利、俄、荷、瑞士、意等國；另一組由載澤、尚其亨、李盛鐸帶隊，考察了日、美、英、法、比等國。
赴洋考察憲政的大臣合影
歷經(jīng)幾個月的考察，１９０６年８月，出洋考察的五大臣回到北京，他們一致奏請慈禧太后實行立憲。１９０６年９月１日，清廷下詔宣布預備立憲。第二天，又頒發(fā)了籌備改革官制的上諭。袁世凱與載澤、世續(xù)、那桐、榮慶、載振、奎俊、鐵良、張百熙等１４人，被任命為官制大臣。６日，設立了編制館。
經(jīng)過一個多月，袁世凱等人拿出了一個全面改革官制的“新官制改革案”，主要內(nèi)容是仿照西方國家的官制，試行行政、立法、司法三權分立，于各部之外單獨設立了大理院（由大理寺改）、審計院和資政院；采用西方責任內(nèi)閣制，內(nèi)閣作為最高行政機關，設總理大臣一人，協(xié)理大臣二人，各部尚書均為內(nèi)閣政務大臣；各部建立單一的領導，設尚書一人，侍郎二人，實行一長負責制。袁世凱提出這個方案，目的是為了廢除軍機處，使皇權失去控制內(nèi)閣的有效機構。
此方案遭到了醇親王載灃、軍機大臣瞿鴻禨等人的堅決反對，慈禧太后也怕君權旁落，加之對袁世凱已心生疑忌，故沒有同意設立責任內(nèi)閣，仍舊保留了軍機處。
１９０６年１１月６日，清廷發(fā)布厘定中央官制的上諭，軍機處和原內(nèi)閣均保留；外務部、吏部、學部均仍其舊；巡警部改為民政部；戶部改為度支部，以財政處并入；禮部以太常、光祿、鴻臚三寺并入；刑部改為法部，專任司法；大理寺改為大理院，專掌審判；工部并入商部，改為農(nóng)工商部；理藩院改為理藩部；兵部改為陸軍部，以練兵處、太仆寺并入；增設郵傳部，管理輪船、鐵路、電線、郵政。
軍機處的保留，使袁世凱大失所望；鐵良任陸軍部尚書和郵傳部的增設，關系到他的軍權和財權，也同樣使他不快。袁世凱沒有撈到便宜，反而因中央官制改革而被迫辭去兼職，并將北洋軍第一、三、五、六*鎮(zhèn)交陸軍部直接管轄。
然而，瞿鴻禨并沒有就此罷手，他拉了兩廣總督岑春煊來助陣。岑春煊曾在庚子國變中，一路護送慈禧太后西逃，因此深得慈禧的信任。１９０７年５月３日，慈禧太后下詔任命岑春煊為郵傳部尚書。不久，矛頭直指奕劻和袁世凱的“丁未大慘案”（也稱楊翠喜案）爆發(fā)了。這一次，瞿鴻禨和岑春煊是下足了賭注，意欲將對手置于死地。然而，由于袁世凱等人想出了一個天衣無縫的掉包計，“楊翠喜案”最后以慈禧太后將雙方各打五十大板而草草結束。
楊翠喜案過去以后，奕劻、袁世凱立即進行報復，發(fā)起反擊。他們首先犧牲袁世凱的兒女親家、兩廣總督周玉山，讓他假借匪亂難滅而辭官，然后讓有實戰(zhàn)經(jīng)驗的岑春煊去總督兩廣，使瞿鴻禨重陷孤立無援。之后，又找人偽造證據(jù)彈劾瞿鴻禨，將其開缺。接下來，利用假照片，使慈禧誤以為岑春煊與梁啟超等人勾結，亦將其開缺。至此，奕劻、袁世凱在這次政潮中獲得勝利。
此后，袁世凱的權勢更為膨脹，由此也遭到了不少參劾。面對這種情況，１９０７年９月４日，清廷下令免去袁世凱直隸總督兼北洋大臣職務，調任為外務部尚書兼軍機大臣。同時被任命為軍機大臣的還有湖廣總督張之洞。軍機大臣的地位比總督高，然而卻無總督那樣的實權。
１９０７年９月５日，即袁世凱上任軍機大臣兼外務部尚書的次日，慈禧太后召見了他，沉重地對他說：“內(nèi)亂外患，日急一日，究竟如何是好呢？有云立憲即可安靖者，有云立憲必有大亂者，真無法可施！”袁世凱隨即答道：“與其坐以待亡，不如立憲，即使無益，可免后悔?！保乖拢玻叭眨逋⑿汲闪①Y政院，為以后設立議院打下基礎。
但各立憲團體卻認為資政院不能代表民意，從１９０７年９月起，他們紛紛推選代表入京請愿，要求迅速建立國會，確定召集國會年限，力爭人民參政。１９０８年掀起了一次高潮，湘、豫、皖、江、吉、直、魯、京等省市，政聞社、預備立憲公會、粵商自治會等立憲團體，以及北京的八旗士民，或推選代表上京請愿，或直接致電政府，都提出同樣的請求。一場群眾性的政治運動勃然興起，立憲派的思想也大為解放。
對于立憲派發(fā)起的國會請愿運動，袁世凱內(nèi)心是反對的，但表面上仍采取兩面派的手法，諉過于朝廷。同時，１９０８年７月下旬，清廷下令將法部主事、政聞社社員陳景仁革職。８月１３日，查禁了政聞社。清廷的這些行為，使人們看清了他們“假憲政”的真面目。立憲派對政府愈益不滿，批判抨擊愈益猛烈。
袁世凱、奕劻等害怕民氣激昂，演變?yōu)楸┝Ω锩?，遂奏請朝廷在８月２７日頒發(fā)了欽定的憲法大綱和逐年籌備事宜清單，宣布從１９０８年算起，預備立憲期限為九年，屆時召開國會，公布憲法。
袁世凱擔任外務部尚書伊始，正值各省人民收回路礦權利的斗爭方興未艾之時。外務部的總理大臣是奕劻，會辦大臣為那桐、袁世凱。他們控制下的外務部，用袁世凱的親家、兩廣總督張人駿的話來說，“不過一賣國部而已，官大賣多的，官小賣少的”。在與列強打交道的過程中，袁世凱更是生怕得罪洋人。
１９０５年，浙江紳商成立了商辦鐵路公司，奏準朝廷招股修筑全浙鐵路。次年，江蘇紳商亦成立商辦鐵路公司。浙江鐵路的杭州至嘉興段、江蘇鐵路的上海至嘉興段先后動工興建。但英國以１８９８年曾訂立借款代筑蘇杭甬鐵路草約為理由，要求清政府改訂正約，不準江、浙商辦鐵路公司動工。１９０７年１０月，清廷在袁世凱策劃下，頒發(fā)借款修筑蘇杭甬鐵路諭旨，把筑路權送給英國，只準兩省紳商搭股。
在處理二辰丸事件上，也充分表現(xiàn)出袁世凱妥協(xié)媚外的嘴臉。１９０８年２月５日，日本商船二辰丸裝運軍火，在澳門附近的九洲海面卸貨，為中國海軍巡邏船查獲。經(jīng)檢查，該船沒有運往中國軍火的護照。遂將船械扣留，拖回黃埔，并將日本旗幟取下，代以中國旗幟。兩廣總督張人駿立即將事情發(fā)生的經(jīng)過電告外務部，并提出將船械充公的處理辦法。日本駐廣東領事也將此事報告了本國政府。
１４日，日本駐華公使林權助照會清政府外務部，提出抗議，聲稱軍火系運往澳門，經(jīng)葡萄牙官員允準，不是在中國領海走私，中國將二辰丸拘留顯系違約。要求將船放回，交還國旗，懲辦官員，賠禮道歉。葡萄牙駐華公使亦照會外務部，要求釋放二辰丸。張人駿主張按照海關章程付諸會審，或請英國水師提督公斷，均為日方拒絕。
袁世凱等人在咨詢了海關總稅務司赫德后，居然認為廣東省所舉出的證據(jù)不足，行動過于魯莽，遂使日本人有所挾持。之后，袁世凱一味地采取妥協(xié)的態(tài)度，對日方提出的多項不合理要求，都滿口應允下來。
袁世凱調任外務部尚書兼軍機大臣一年后，即迎來了他５０歲的生日。１９０８年９月１６日，袁世凱舉辦了自己５０歲生日宴，各方人士極盡逢迎之能事。據(jù)當時參加袁世凱壽宴的一位英國人說：“沒有任何一個中國官員曾有過比這更盛大的祝壽場面了?！碑斎?，此時沉寂在喜悅之中的袁世凱自然沒有想到，一場大禍即將從天而降。
